如果合同中明确约定工资为5000元，但实际长期按4000元支付，赔偿金一般应按合同约定的5000元来计算。下面我来详细解释一下：
法律背景
在劳动合同关系中，双方的权利和义务主要由劳动合同来约定。当劳动合同中明确规定了工资标准时，用人单位应当按照约定的标准支付工资。如果实际支付的工资低于合同约定的标准，就构成了违约行为。
具体分析
合同约定优先：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。因此，当合同中对工资有明确约定时，应当优先按照合同约定的标准来执行。
实际支付与约定的差异：在你提到的情况中，合同约定的工资是5000元，但实际长期按4000元支付。这意味着用人单位没有按照合同的约定履行支付工资的义务，构成了违约。
赔偿金的计算：如果因为用人单位的违约行为导致劳动者需要主张赔偿金，那么赔偿金的计算一般应当以合同约定的工资标准为基础。也就是说，在这种情况下，赔偿金应当按照合同约定的5000元来计算，而不是实际支付的4000元。
法律建议
检查劳动合同：首先，建议你仔细检查劳动合同中关于工资的约定，确保自己的权益得到保障。
与用人单位沟通：如果发现实际支付的工资与合同约定的不符，可以尝试与用人单位进行沟通，要求按照合同约定的标准支付工资。
寻求法律援助：如果沟通无果，或者用人单位拒绝履行支付义务，你可以考虑寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，如果合同工资为5000元但长期按4000元支付，赔偿金一般应按合同约定的5000元来计算。希望这个解答能够帮助你更好地理解这个问题，并知道如何维护自己的合法权益。