不能按两小时支付工资。下面我来详细解释一下：

首先，根据《劳动法》的相关规定，劳动者提供了正常劳动，用人单位就应当支付相应的劳动报酬，且劳动报酬的支付应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。这意味着，员工的工资应当与其提供的劳动量相匹配。

其次，如果公司无法证明员工只工作了两小时，那么就不能单方面按照两小时来支付工资。因为这种情况下，公司没有充分的证据来支持其只支付两小时工资的主张，而员工则可能提供了更长时间的劳动。

再者，从公平合理的角度来看，如果员工实际上工作了更长时间，而公司却只按两小时支付工资，这显然是不公平的。员工有权要求公司按照其实际提供的劳动时间来支付相应的工资。

综上所述，公司无法证明员工只工作两小时时，不能按两小时支付工资。如果公司坚持这样做，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的合法权益。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。