员工不能满勤按小时发工资是合法的，但前提是这种工资计算方式需要符合劳动法的相关规定。

具体来说，按小时发工资，即所谓的“小时工”，属于非全日制用工的一种。根据《劳动合同法》的规定，非全日制用工双方当事人可以订立口头协议，工作时间一般每天不超过4小时，每周工作时间累计不超过24小时，劳动报酬结算支付周期最长不得超过十五日。因此，如果员工因个人原因不能满勤，而单位按照实际出勤的小时数来计算工资，并且这种计算方式在双方的劳动合同或协议中有明确约定，同时不违反劳动法的其他相关规定，那么这种工资计算方式就是合法的。

但是，也需要注意以下几点：

1. 最低工资标准：即使是按小时发工资，也需要确保员工的工资不低于当地规定的最低工资标准。
2. 加班工资：如果员工在非全日制用工的基础上，被安排加班，那么单位需要按照劳动法的规定支付加班工资。
3. 社会保险：虽然非全日制用工的劳动关系相对灵活，但单位仍然需要为员工缴纳社会保险，只是缴费的比例和方式可能与全日制员工有所不同。

综上所述，员工不能满勤按小时发工资是合法的，但需要确保这种工资计算方式符合劳动法的相关规定，并且不损害员工的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。