部门季度绩效考核不合格扣百分之30绩效工资是否合法，取决于具体情况和法律规定。
如果合法：
- 劳动合同有约定：用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了绩效考核标准以及相应的绩效工资扣除比例，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照合同约定扣除30%的绩效工资是合法的。
- 规章制度有规定：用人单位制定的规章制度如果经过民主程序制定并公示告知劳动者，且内容不违反法律法规，其中关于绩效考核和绩效工资扣除的规定可以作为处理依据。但需注意，规章制度中的扣除比例必须合理。
可能不合法：
- 违反法律限制：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可从劳动者工资中扣除赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若部门季度绩效考核不合格并非由劳动者本人原因造成经济损失，或扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则扣除30%绩效工资可能违反此规定。
- 扣除比例过高或不合理：即使劳动合同或规章制度中有相关规定，但如果扣除比例过高或与实际绩效不匹配，可能构成对劳动者权益的侵害，此时扣除30%绩效工资可能不合法。
特殊情况下：
- 如果劳动者被证明不胜任工作，用人单位可以调整工作岗位或进行培训，若仍不胜任，可以依法解除劳动合同，并适当降低绩效工资，但扣除比例应合理。
- 如果劳动者存在严重失职、营私舞弊等行为给用人单位造成重大损害，用人单位可以依法解除劳动合同并要求赔偿损失，此时可以根据实际情况扣除相应的绩效工资作为赔偿的一部分，但同样需要遵守法律法规的限制。
结论补充说明：
- 绩效工资的扣除应当基于合理的绩效考核结果，并遵循法律法规的规定。
- 如果劳动者对绩效工资的扣除有异议，可以与用人单位进行沟通协商，或依法向劳动监察部门投诉举报。
行动建议：
- 查看合同与规章制度：建议劳动者首先查看自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解关于绩效考核和绩效工资扣除的具体规定。
- 与用人单位沟通：如果对绩效工资的扣除有疑虑或不满，可以与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，寻求合理的解释和解决方案。
- 咨询专业意见：如果无法与用人单位达成一致，或者认为自己的权益受到侵害，可以咨询专业律师或劳动监察部门，获取更具体的法律建议和支持。