绩效考核扣除超过百分之五十是否合法，需分情况讨论：
若劳动合同或公司规章制度中有明确约定，且该约定不违反法律法规强制性规定：
- 在这种情况下，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了绩效考核工资的比例，并且这一比例（包括扣除超过百分之五十的情况）是双方协商一致的结果，同时不低于当地最低工资标准，那么这种扣除是合法的。因为用人单位有权根据经营状况、行业特点及管理需求自主确定工资分配方式和结构，只要不违反法律法规的强制性规定。
若劳动合同或公司规章制度中无明确约定，或约定违反法律法规强制性规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定绩效考核工资的比例，或者规定的比例违反了法律法规的强制性规定（如低于当地最低工资标准），那么用人单位单方面扣除超过百分之五十的绩效工资则可能是不合法的。这种情况下，员工有权对绩效评估结果提出质疑，并可能引发劳动争议。
可能存在的问题与风险：
- 缺乏明确的绩效考核标准：如果公司没有制定明确、客观、可量化的绩效考核标准，员工可能对绩效评估结果产生质疑，认为扣除的绩效工资不合理。这可能导致员工对公司的信任度降低，甚至引发劳动纠纷。
- 绩效工资发放不规范：如果公司无故拖延发放或扣减绩效工资，可能侵犯员工的合法权益。根据相关法律法规，公司需按照事先约定的考核周期、计算方式及时足额发放绩效工资。
法律建议与措施：
- 完善绩效考核体系：公司应制定明确、客观、可量化的绩效考核标准，并确保其公平性和透明度。这样不仅可以减少员工对绩效评估结果的质疑，还可以提高员工的工作积极性和满意度。
- 规范绩效工资发放：公司应严格按照劳动合同约定的考核周期和计算方式发放绩效工资，避免无故拖延或扣减。如果确实需要扣减绩效工资，应提前与员工沟通并说明原因，确保员工的知情权得到保障。
- 加强法律合规意识：公司应加强对劳动法律法规的学习和理解，确保工资分配方式的合法性和合规性。在制定工资结构和绩效工资比例时，应充分考虑法律法规的要求和员工的合法权益。
举例说明：
假设某公司规定，员工的工资由基本工资和绩效工资两部分组成，其中绩效工资占工资总额的50%。如果员工在某个月的绩效考核中得分较低，公司根据规定扣除了其当月绩效工资的60%（即工资总额的30%）。如果这一规定在劳动合同或公司规章制度中有明确约定，且不低于当地最低工资标准，那么这种扣除是合法的。但如果公司没有提前与员工约定这一比例，或者约定的比例违反了法律法规的强制性规定，那么这种扣除则可能是不合法的。
总结与提醒：
绩效考核扣除超过百分之五十是否合法，取决于劳动合同或公司规章制度中的约定以及是否违反法律法规的强制性规定。作为员工，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己的权益和义务。如果公司存在不合理的扣除行为，员工有权提出质疑并寻求法律援助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。