单位通知员工自动离职，这一行为本身并不合法。自动离职并非一个法律术语，而是指劳动者未向用人单位打招呼，随意脱离所在工作岗位和所在单位的行为。单位不能单方面自行判定员工自动离职，因为这种做法可能引发劳动纠纷。接下来，我将从几个方面详细解释这一问题：

1. 单位不能自行判定自动离职：

   • 自动离职是员工的一种自发行为，而非单位可以单方面认定的。若员工未按规定履行请假等手续，连续旷工达到一定天数，用人单位可根据其规章制度以旷工为由解除劳动合同，但这并不等同于判定员工自动离职。

2. 单位单方面认定的风险：

   • 若员工因客观原因暂时无法到岗且已及时说明情况，单位却错误地认定其为自动离职，员工有权通过劳动仲裁等途径要求单位恢复劳动关系或支付相应赔偿。

3. 合法解除劳动合同的程序：

   • 单位若要解除劳动合同，必须遵循法定程序，如提前通知员工、给予员工申辩机会等。若未遵循这些程序，即使单位认为员工已经“自动离职”，其判定也可能被认定无效。

4. 建议与总结：

   • 对于单位而言，应建立健全的规章制度，明确员工离职的相关程序和规定，避免单方面错误认定员工自动离职而引发纠纷。
   • 对于员工而言，若遭遇单位错误认定自动离职的情况，应及时咨询专业律师（如我），了解自己的权益和可能的法律途径，以维护自己的合法权益。

综上所述，单位通知员工自动离职这一行为本身并不合法。单位在处理员工离职问题时，应严格遵循法律法规和规章制度，确保行为的合法性和合理性。员工也应了解自己的权益和义务，在遇到问题时及时寻求法律帮助。