工厂扣员工工时是违法的。这种行为变相克扣了员工的工资，也违反了《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。

法律分析：

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。扣员工工时，实际上就是在减少员工的工资，如果这种减少并非基于法定事由或双方协商一致的结果，就构成了对劳动者合法权益的侵害。
2. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。扣工时导致工资减少，显然违反了这一规定。
3. 《中华人民共和国劳动法》第九十一条和《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条还规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。这意味着，工厂如果扣员工工时，不仅要补发工资，还可能面临经济补偿和赔偿金的处罚。

合法扣除工时的情形：

当然，也有一些特定情况下，工厂可以依法扣除员工的工时或工资，但这些情况必须严格符合法律法规的规定，例如员工因个人原因请假或旷工，且公司有明确的请假制度和旷工处理办法；或者员工违反公司规章制度，且该制度已经过民主程序制定并向员工公示。

维权途径：

如果工厂存在违法扣减员工工时和工资的行为，员工可以通过以下途径维护自己的合法权益：

1. 与工厂协商：首先尝试与工厂进行协商，要求工厂说明扣款原因并提供相关证据。
2. 投诉举报：如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉举报工厂的违法行为。
3. 申请劳动仲裁：若投诉举报未能解决问题，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求工厂支付被克扣的工资及相应的赔偿金。
4. 提起诉讼：对仲裁结果不满意的，还可以向人民法院提起诉讼。

综上所述，工厂扣员工工时是违法的，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。如果你遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。