店长随意扣除员工工资是违法的。

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第十五条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。除非存在法定允许扣除的情形，如代扣代缴的个人所得税、社会保险费用、法院判决的抚养费、赡养费以及法律、法规规定的其他费用，否则任何形式的扣工资行为都是不合法的。

具体来说，以下几种情形下的扣工资行为是违法的：

1. 无故扣工资：店长不能因个人喜好或情绪而随意扣减员工工资，必须基于合法、合理的依据进行扣除。
2. 超出规定扣工资：即使员工存在迟到、请假等违规行为，用人单位在扣除工资时也必须遵循一定的限度和程序，不能超出员工正常日薪的罚款，否则即为违法。
3. 以捐赠为由扣工资：捐赠应当是自愿和无偿的，用人单位不得以捐赠为名强行扣除员工工资。
4. 因工作绩效未达标扣工资：工资是用人单位使用劳动者的劳动力所必须支付的报酬，用人单位不得以员工考核未达标为由克扣工资。

如果店长随意扣除员工工资，员工有权要求店长或用人单位说明扣工资的理由，并提供相应证据。如果认为扣工资行为违法，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

因此，店长在扣除员工工资时，必须严格遵守法律法规和公司规章制度，确保扣除行为合法、合理，且遵循相关程序和限度。如果员工对扣工资行为有异议，建议及时与店长或用人单位沟通协商，必要时可寻求法律途径维护自己的合法权益。