在民事案件中，认定事实不清主要指的是所提交的证据不足以形成完整证据链，导致诉讼请求所对应的法律依据不足以认定，从而无法对诉讼请求作出明确的判定。具体来说，以下几种情况可以被认为是认定事实不清：
证据链不完整：若关键事实缺乏直接证据支持，且间接证据之间无法相互印证、补充，形成完整的证据链，此时就可能存在事实认定不清。例如，在借贷纠纷中，如果出借人仅提供转账记录，却不能证明款项性质是借款，而借款人又否认借款事实，那么此时证据就可能不足以证明借贷关系的存在。
证据真实性、合法性或关联性存在问题：如果证据存在伪造、来源不合法等问题，或者与案件事实无实质关联，那么这样的证据不能作为有效定案依据，也会导致事实认定不清。
未达到证明标准：民事案件一般遵循高度盖然性标准，即一方提供的证据应当足以让法官内心确信待证事实的存在。如果一方提供的证据明显不足以达到这一标准，就会被认定为证据不足，从而导致事实认定不清。
在出现认定事实不清的情况下，法院通常会驳回当事人的诉讼请求，因为缺乏足够的证据支撑，法院无法形成对当事人有利的心证。此时，当事人可以通过上诉、申请再审等途径来寻求救济，但需要注意各救济途径的时间和条件限制。
总之，认定事实不清是民事案件中常见的一种情况，主要源于证据的不足或问题。当事人在提起诉讼时，应当尽可能收集全面、真实、合法的证据，以形成完整的证据链，从而避免认定事实不清的情况发生。