村民有权起诉承包农贸市场乙方明显违反合同条款的行为。

首先，从合同法的角度来看，任何一方违反合同条款，都可能构成违约，并应承担相应的违约责任。在村民与承包农贸市场的乙方之间，如果存在明确的合同关系，并且乙方有明显违反合同条款的行为，那么村民作为合同的当事人，自然有权依据合同法的相关规定，向法院提起诉讼，要求乙方承担相应的违约责任。

其次，村民在起诉时，需要准备充分的证据来证明乙方的违约行为。这些证据可以包括合同文本、乙方的违约行为证据（如照片、视频、证人证言等）、以及因乙方违约给村民造成的损失证据等。只有证据充分，才能增加诉讼的成功率。

最后，村民在起诉前，也可以先尝试与乙方进行协商，看是否能够通过和解的方式解决纠纷。如果协商无果，再选择通过法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，村民在承包农贸市场乙方明显违反合同条款的情况下，完全有权向法院提起诉讼，要求乙方承担违约责任。在起诉过程中，村民需要准备充分的证据，并可以考虑先与乙方进行协商，以寻求和解的可能性。