乙方起诉村民占地是否合法，需根据具体情况判断，但通常情况下，若乙方持有合法有效的集体土地承包合同且村民的行为构成侵权，则乙方起诉是合法的。以下从不同角度进行分析：
一、合同效力与村民行为
合同效力：
- 若乙方与集体经济组织签订的集体土地承包合同是合法有效的，即合同内容不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，那么该合同对双方均具有法律约束力。
- 村民作为集体经济组织的一员，应当尊重并遵守该合同。若村民不承认合同效力或拒绝履行合同义务，可能构成违约或侵权。
村民行为：
- 若村民未经乙方同意，擅自占用乙方承包的土地进行耕作、建设或其他活动，则村民的行为可能构成对乙方土地承包经营权的侵害。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，土地承包经营权人依法对其承包经营的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的权利，有权从事种植业、林业、畜牧业等农业生产。村民的行为若妨碍了乙方行使这些权利，则乙方有权要求村民停止侵害、排除妨碍。
二、乙方的法律救济途径
协商与调解：
- 在起诉前，乙方可以尝试与村民进行协商，寻求和解。若协商无果，可以请求集体经济组织或当地人民调解委员会进行调解。
起诉要求停止侵害、排除妨碍：
- 若协商和调解均无法解决问题，乙方可以依法向人民法院提起诉讼，要求村民停止侵害、排除妨碍，并恢复土地原状。
- 在起诉时，乙方需要提供充分的证据证明其享有合法的土地承包经营权，以及村民的行为构成了对其权利的侵害。
起诉要求赔偿损失：
- 若村民的行为给乙方造成了经济损失，乙方还可以在起诉时要求村民赔偿相应的损失。赔偿范围包括直接损失和间接损失，具体数额需要根据实际情况进行评估。
三、起诉的法律依据与程序
法律依据：
- 乙方的起诉权基于《中华人民共和国民法典》中关于物权保护、侵权责任的相关规定。特别是第三百三十三条关于土地承包经营权的规定，以及第一千一百六十五条关于侵权责任的一般规定。
起诉程序：
- 乙方应当收集相关证据，如土地承包合同、土地权属证明、村民侵权的照片或视频等。
- 向有管辖权的人民法院提起诉讼，并提交起诉状及相关证据材料。
- 法院将依法审理案件，并根据事实和法律规定作出判决。若判决支持乙方的诉讼请求，村民应当履行判决义务；若村民不履行，乙方可以申请法院强制执行。
四、特殊情况考虑
- 合同无效或可撤销：若集体土地承包合同存在无效或可撤销的情形（如违反法律法规的强制性规定、存在欺诈或胁迫等），则乙方的起诉可能面临一定的风险。在这种情况下，乙方需要先通过法律程序确认合同的效力。
- 村民会议或村民代表会议的决定：若村民的行为是基于村民会议或村民代表会议的决定，且该决定符合法律法规和集体经济组织的章程，则乙方的起诉可能面临一定的挑战。但即便如此，若该决定侵犯了乙方的合法权益，乙方仍可以通过法律途径寻求救济。
建议：在起诉前，乙方应当充分评估自己的法律地位和证据情况，必要时可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议。同时，乙方也应当保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。