针对您提出的“就同一个事项签署两份合同，约定了不同的仲裁管辖如何处理”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，当两份合同中约定了不同的仲裁管辖机构时，这确实构成了一个潜在的冲突。然而，解决这一冲突的关键在于理解合同之间的法律关系和后续合同对先前合同条款的变更效力。

一般来说，如果在后签订的合同（或补充协议）中明确规定了双方争议解决的方式，并且这一规定与先前合同中的规定不一致，那么应视为后合同对先合同争议解决方式的变更。这种变更在法律上是有效的，除非存在其他导致仲裁协议无效的情形。

具体到您的案例，如果两份合同是针对同一事项签订的，并且后一份合同中明确规定了仲裁管辖机构，那么这一规定通常会覆盖先合同中的相应条款。也就是说，如果后合同中约定了提交某个特定的仲裁机构进行仲裁，那么双方应当遵循这一约定，将争议提交给该仲裁机构处理。

当然，这里也需要注意一些特殊情况。比如，如果两份合同的签订主体不一致，或者合同目的、所涉法律关系不同，那么可能就不能简单地以后合同中的仲裁条款为准。在这种情况下，可能需要更详细地分析合同之间的法律关系和仲裁条款的具体内容，以确定哪个仲裁条款更具有法律效力。

此外，还需要注意的是，即使后合同中的仲裁条款有效，如果双方在履行合同过程中发生了争议，并且无法就仲裁机构的选择达成一致，那么仍然可能需要通过其他途径（如诉讼）来解决争议。因此，在签订合同时，双方应当尽可能明确地约定仲裁管辖机构，以避免未来可能出现的争议和纠纷。

综上所述，就同一个事项签署两份合同并约定了不同的仲裁管辖机构时，应当以后合同中明确规定的仲裁条款为准。但是，也需要注意特殊情况的存在，并根据具体情况进行具体分析和处理。如果双方在履行合同过程中发生了争议，建议及时咨询专业律师或法律机构以获取更准确的法律意见和帮助。