核心结论：当备案合同中既约定了仲裁条款，又约定该仲裁条款“仅用于备案”时，仲裁条款的效力可能因具体表述和合同实际履行情况而有所不同，但通常倾向于认定仲裁条款无效，双方应依据法定管辖规则或另行约定的有效管辖条款确定管辖。以下分情况详细说明：

1. 若“仅用于备案”的表述明确排除了仲裁条款的实际适用
   如果合同中明确写明“本仲裁条款仅用于备案，不作为解决争议的依据”，或类似表述直接否定了仲裁条款的效力，则该仲裁条款因双方合意排除而无效。此时，若合同中无其他有效管辖条款（如法院管辖条款），则应依据《民事诉讼法》中关于合同纠纷管辖的规定确定管辖法院（通常为被告住所地或合同履行地法院）。

2. 若“仅用于备案”的表述未明确排除仲裁条款的实际适用，但存在矛盾
   若合同中既约定仲裁条款，又写明“仅用于备案”，但未明确排除仲裁条款的效力，此时需结合合同整体解释、双方交易习惯及目的判断。若仲裁条款与合同其他条款（如争议解决方式）存在冲突，且无法通过解释消除矛盾，则仲裁条款可能因“约定不明”而被认定为无效。此时同样适用法定管辖规则。

3. 若仲裁条款本身符合法定要件，且“仅用于备案”不影响其效力
   极少数情况下，若“仅用于备案”的表述仅是对仲裁条款用途的说明（如“本仲裁条款用于合同备案及实际争议解决”），且仲裁条款本身具备《仲裁法》第16条规定的要件（请求仲裁的意思表示、仲裁事项、选定的仲裁委员会），则仲裁条款有效，双方应通过仲裁解决争议。但此类情形需严格依据合同文本和双方真实意思表示判断，实践中较为罕见。

实务建议：

• 审查合同文本：重点查看仲裁条款与“仅用于备案”表述的具体内容，判断是否存在矛盾或排除效力的合意。
  
• 收集履行证据：若合同已实际履行，可收集双方往来函件、付款记录等证据，证明双方对争议解决方式的实际选择。
  
• 协商或诉讼/仲裁：若仲裁条款无效，可与对方协商补充管辖条款；若协商不成，直接向有管辖权的法院起诉或依据有效仲裁条款申请仲裁。
  

如有进一步疑问或需具体分析合同条款，可直接向我咨询。