针对你提出的关于工程合同结算与发票处理的问题，我们可以这样处理：

核心结论：当工程合同金额为50万，但实际结算金额为49万时，对于对方多开的发票，应首先与对方沟通，要求其更正发票或提供相应的说明，以确保财务和税务的合规性。

1. 沟通协商：

   • 首先，与对方（可能是承包商或供应商）进行友好沟通，明确指出合同金额与结算金额的不一致，以及多开发票的问题。
   • 要求对方更正发票，使其与实际结算金额相符，或者提供一份正式的书面说明，解释为何发票金额与结算金额存在差异。

2. 财务处理：

   • 在财务上，应确保按照实际结算金额进行付款和记账，避免因为多开发票而导致的财务混乱或税务风险。
   • 如果对方坚持不更正发票，可以考虑在付款时扣除多开的金额，或者与对方协商以其他方式解决（如退还多开的发票、签订补充协议等）。

3. 税务合规：

   • 从税务角度来看，多开发票可能导致税务申报的不准确，甚至可能触犯税法。
   • 因此，应确保所有发票都与实际交易相符，并妥善保存相关凭证，以备税务部门查验。

4. 法律风险防范：

   • 在处理此类问题时，应保留所有与对方的沟通记录、合同文件、发票等凭证，以作为未来可能出现的法律纠纷的证据。
   • 如果对方不配合更正发票或提供说明，可以考虑寻求法律途径解决，如通过律师函、诉讼等方式维护自身权益。

总之，对于对方多开的发票，应通过沟通协商、财务处理、税务合规和法律风险防范等多方面措施来妥善处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。