针对您提出的“合法交易多开了发票怎么处理”的问题，这确实是一个涉及税务合规的重要事项。以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，多开发票在税务上是不被允许的，因为它可能导致税款的流失或误报，进而引发税务风险。在合法交易中，如果因为各种原因（如计算错误、沟通不畅等）多开了发票，您应当采取积极措施进行纠正。

具体处理步骤如下：

1. 立即与对方沟通：

   • 一旦发现多开发票，应第一时间与受票方（即收到多开发票的一方）取得联系，说明情况，并协商解决方案。

2. 收回多开的发票：

   • 如果受票方同意，应尽快收回多开的发票原件，并作废或冲红处理。作废或冲红的具体操作需根据当地税务机关的规定和发票管理系统的要求进行。

3. 重新开具正确的发票：

   • 在收回多开发票并作废或冲红后，根据实际交易情况，重新开具正确的发票给受票方。

4. 税务申报与调整：

   • 如果多开的发票已经用于税务申报，您还需要在税务申报系统中进行相应的调整，确保税款的准确申报和缴纳。

5. 保留相关证据与记录：

   • 在整个处理过程中，务必保留好与受票方的沟通记录、多开发票的原件或复印件、作废或冲红的证明、重新开具的发票等证据和记录，以备税务机关查验。

额外注意事项：

• 税务合规意识：加强企业的税务合规意识，确保在开具发票时严格遵守相关税务法规和规定，避免类似问题的再次发生。
• 内部审核机制：建立和完善内部审核机制，对开具的发票进行严格审核，确保发票的准确性和合规性。
• 及时咨询税务机关：如果对多开发票的处理存在疑问或不确定，应及时咨询当地税务机关或专业税务顾问的意见，以确保处理的正确性和合规性。

案例参考：

虽然您提供的案例中主要涉及的是退货退款后已开增值税专用发票的处理，但它也间接说明了税务处理的重要性。在该案例中，由于退货后未按规定对发票进行税务处理，导致企业面临了税务风险和法律责任。这进一步强调了企业在处理发票问题时需要谨慎和合规的重要性。

综上所述，合法交易中多开发票的处理需要您立即与对方沟通、收回并作废或冲红多开的发票、重新开具正确的发票、进行税务申报与调整，并保留好相关证据与记录。同时，加强税务合规意识、建立内部审核机制和及时咨询税务机关也是预防类似问题再次发生的关键。