当您在合同开发票过程中发现商家多收了一分钱时，虽然金额不大，但依然涉及到您的合法权益，您可以按照以下步骤来处理：

一、与商家友好沟通

首先，建议您以平和、理性的态度与商家进行沟通。向商家明确指出发票上的金额与实际应付款项存在一分钱的差异，并出示相关的合同、付款记录或发票作为证据。在沟通过程中，您可以引用《中华人民共和国发票管理办法》中的相关规定，即商家在开具发票时不得额外收费，以此提醒商家注意其行为的合规性。

二、寻求消费者权益保护机构的帮助

如果与商家的沟通没有取得满意的结果，您可以考虑向消费者权益保护机构投诉。您可以拨打12315热线或通过全国12315平台向消费者协会反映情况。在投诉时，请详细描述问题的经过，并提供相关证据，如合同、发票、付款记录等。消费者协会将会对您的投诉进行调查，并尝试与商家进行调解，以维护您的合法权益。

三、向税务部门举报

除了向消费者权益保护机构投诉外，您还可以向当地税务部门举报商家的不当行为。您可以拨打12366纳税服务热线或前往税务局进行实名举报。在举报时，请提供商家的名称、地址以及多收费的具体情况。税务部门将会依法对商家的行为进行调查处理，确保税收的公平性和合法性。

四、保留关键证据

在整个处理过程中，请务必保留好所有相关证据和文件。这包括合同、发票、付款记录、与商家的沟通记录等。这些证据将在您需要证明商家多收费或维护自己合法权益时发挥重要作用。

五、考虑法律途径（如必要）

虽然一分钱的金额不大，但如果商家态度恶劣或拒绝解决问题，且您认为自己的权益受到了严重侵害，那么您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。在决定是否提起诉讼前，请综合考虑诉讼成本（如时间、精力、律师费等）与可能获得的收益。如果涉及的金额较大或问题较为复杂，建议您咨询专业律师以获取更详细的法律建议。

总之，面对商家在合同开发票时多收一分钱的情况，您应保持冷静并采取积极的措施来维护自己的合法权益。通过与商家沟通、向相关部门投诉以及必要时考虑法律途径等途径，您可以有效地解决这一问题。