事业单位工作人员长期不在岗，违反了《事业单位人事管理条例》第二十八条中关于失职渎职的规定。具体分析如下：

一. 违反的条例

• 根据《事业单位人事管理条例》第二十八条，事业单位工作人员有失职渎职行为的，应当给予处分。长期不在岗，显然属于未能履行其工作职责的失职行为。

二. 处理措施

• 对于事业单位工作人员长期不在岗的情况，单位应首先进行事实调查，确保事实清楚、证据确凿。
• 根据调查结果，单位可以依据《事业单位人事管理条例》及相关规章制度，对长期不在岗的工作人员给予相应的处分，处分类型包括警告、记过、降低岗位等级或者撤职、开除。
• 在处理过程中，必须确保程序的合法性，包括向员工发出书面通知，要求其解释缺勤原因，并给予合理期限进行改正。

三. 特殊情况考虑

• 如果长期不在岗是因为员工患病或其他特殊原因，单位应要求员工提供相应证明，并按病假等相关规定处理。
• 若员工因涉嫌违法犯罪被限制人身自由，单位需待司法机关最终处理结果后决定后续处理方式。

我建议事业单位在处理长期不在岗的员工时，应严格遵循法律法规和单位规章制度，确保处理的公正性和有效性。同时，也应考虑员工的实际情况和合理需求，通过合法的程序和人性化的管理措施，维护单位的正常秩序和员工的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。