工程验收合格一年后申请主体质量鉴定被法院驳回，通常是因为超过了法律规定的质量异议期。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律规定与质量异议期

1. 法律依据：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十四条，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。同时，该解释第十五条规定，建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。
2. 质量异议期的理解：虽然上述法律条文未直接规定质量异议期，但通常在实践中，工程验收合格即视为发包人对工程质量予以认可。若在工程验收合格一年后提出主体质量鉴定申请，往往被视为超过了合理的质量异议期。

二. 法院驳回申请的原因

• 超过异议期：如上所述，工程验收合格一年后提出质量鉴定申请，很可能因超过了合理的质量异议期而被法院驳回。法院通常会认为，发包人在验收时未对工程质量提出异议，且在合理期限内未行使权利，视为对工程质量的认可。
• 缺乏法律依据：在没有明确法律规定支持的情况下，法院难以支持发包人在验收合格一年后提出的主体质量鉴定申请。

三. 后续建议

• 检查合同条款：我建议发包人首先检查施工合同中是否有关于质量异议期的具体约定。若有，则应遵守合同约定；若无，则可考虑与承包人协商解决质量问题。
• 协商处理：尽管法院驳回了质量鉴定申请，但发包人仍可与承包人协商处理工程质量问题。双方可共同委托第三方机构进行质量检测，并根据检测结果协商解决方案。
• 诉讼策略：若协商无果，发包人可考虑通过诉讼途径解决争议。但在此之前，应充分收集证据，包括施工记录、验收报告等，以证明工程质量存在问题。

综上所述，工程验收合格一年后申请主体质量鉴定被法院驳回，主要是因为超过了合理的质量异议期。我建议发包人在此情况下，应首先检查合同条款，与承包人协商处理，或考虑通过诉讼途径解决争议。如有进一步需要，您可以继续咨询我。