关于劳动合同中的工资保密协议签订的赔偿违约金是否有效，这是一个需要具体分析的法律问题。以下是我的详细解答：

结论：劳动合同中的工资保密协议约定的违约金，在一般情况下是无效的，但如果与竞业限制或服务期相关，并且符合《劳动合同法》的相关规定，那么这样的违约金条款可能是有效的。

分析说明：

1. 一般情况下的无效性：

   • 根据《劳动合同法》第二十五条的规定，除了用人单位为劳动者提供专项培训费用并约定服务期、以及劳动者违反竞业限制约定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
   • 单纯的保密协议，不涉及竞业限制内容，其约定的违约金条款通常会因违反法律强制性规定而被认定无效。因为保密义务是法定的，劳动者对在工作过程中知悉的用人单位商业秘密负有保密责任，无需通过约定违约金来强化。

2. 特殊情况下的有效性：

   • 如果保密协议中包含了竞业限制条款，即用人单位与劳动者约定在解除或终止劳动合同后，劳动者在一定期限内不得到与本单位有竞争关系的其他单位工作或自己开业从事同类业务，并且用人单位为此支付了经济补偿，那么用人单位可以与劳动者约定违约金。这是因为竞业限制是对劳动者离职后就业权利的限制，作为对等条件，劳动者违反竞业限制时应支付违约金。
   • 另外，如果保密协议中的违约金条款与服务期相关，即用人单位为劳动者提供了专项培训费用并约定了服务期，劳动者违反服务期约定的，也应当按照约定向用人单位支付违约金。但这种情况下，违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

法律建议：

• 在签订劳动合同时，劳动者应仔细审查保密协议的内容，特别是关于违约金的约定。如果协议中仅约定了保密义务而未涉及竞业限制或服务期，那么违约金条款很可能是无效的。
• 如果用人单位以违反保密协议为由要求劳动者支付违约金，劳动者应首先判断协议中是否存在有效的违约金条款。如果不存在或条款无效，劳动者有权拒绝支付违约金，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，劳动合同中的工资保密协议签订的赔偿违约金是否有效，需根据具体情况来判断。在一般情况下是无效的，但如果与竞业限制或服务期相关，并且符合《劳动合同法》的相关规定，那么可能是有效的。如果您对此类问题有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。