不违法。针对您提出的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 借款合同的本质

• 借款合同是一种民事合同，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，双方需按照约定履行义务。这意味着借款人应按照合同约定的时间和金额进行还款。

二. 还款的具体操作

• 在还款过程中，借款人可以选择一次性还清本金和利息，也可以选择部分还款。只要借款人的行为不违反合同约定和法律规定，其还款方式就是合法的。

三. 关于剩余金额的处理

• 在您的情况下，如果您已经还清了本金，但账户上还剩余50元，这并不构成违法行为。这50元可能是利息、罚息、违约金或其他费用的余额，具体取决于借款合同的约定。
• 如果这50元是多余的还款，您可以与银行沟通，看是否可以将其作为预存或用于支付未来的利息。

四. 法律后果

• 只要您按照合同约定和法律规定进行还款，即使账户上剩余少量金额，也不会产生法律纠纷或导致违法后果。

综上所述，您借农村信用社3万并还清本金后，账户上剩余50元并不违法。这50元的处理方式取决于借款合同的约定和银行的具体规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。