结论：借款50万元已还利息31万元是否合法，需结合借款期限、利率约定及是否超过法定上限等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 法定利率上限的考量

根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷利率的司法保护上限为合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。以当前LPR（假设为3.85%）为例，四倍即15.4%。若借款合同约定的利率超过此标准，超出部分的利息不受法律保护，借款人可主张返还或抵扣本金。

计算公式：
合法利息上限 = 借款本金 × (合同成立时LPR × 4) × 借款期限（年）
例如：借款50万元，期限1年，合法利息上限为：
500,000 × 15.4% × 1 = 77,000元
若已还利息31万元，远超合法上限，超出部分（310,000 - 77,000 = 233,000元）可能被认定为无效，借款人可要求返还或抵扣本金。

2. 借款期限的影响

若借款期限较长（如5年），需分段计算利息：

• 假设年利率为15.4%：
  合法利息总额 = 500,000 × 15.4% × 5 = 385,000元
  此时已还31万元未超过上限，合法有效。
  
• 若约定年利率为24%（超过四倍LPR）：
  合法利息上限仍为385,000元（按15.4%计算），超出部分（500,000 × (24% - 15.4%) × 5 = 215,000元）不受保护。

3. 利息支付方式与合同约定

• 分期付息：若借款人按约定分期支付利息，需核对每期利息是否超过单期合法上限。
  
• 复利计算：若合同约定复利（利滚利），需确保复利后的总利率不超过四倍LPR，否则超出部分无效。
  
• 提前还款：若借款人提前还款，已支付的利息可能按实际借款期限重新核算，超出部分可主张返还。

4. 法律后果与建议

• 若利息合法：借款人需继续履行还款义务，出借人可依法追讨剩余本金及合法利息。
  
• 若利息违法：借款人可：
  
  1. 向法院起诉，要求确认超出部分无效并返还；
     
  2. 在诉讼中主张以超出利息抵扣本金，减少还款金额。
     
• 建议行动：
  
  1. 核对借款合同中的利率约定及LPR数据；
     
  2. 计算实际已付利息与合法上限的差额；
     
  3. 咨询专业律师，制定维权策略（如协商、诉讼等）。

示例：
若借款50万元，期限3年，约定年利率20%（当前四倍LPR为15.4%），则：

• 合法利息上限：500,000 × 15.4% × 3 = 231,000元
  
• 已还利息31万元，超出部分：310,000 - 231,000 = 79,000元
  借款人可主张返还79,000元或抵扣本金。

总结：已还利息是否合法需结合具体利率、期限及合同条款判断。若您有详细合同或支付记录，可直接向我咨询，我将为您进一步分析并制定解决方案。