结论：是否合法需根据借款时约定的利率、还款期限以及已还款的具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

一、利率合法性角度

1. 若借款时约定利率合法：

   • 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率受法律保护的上限为合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。假设借款时约定的年利率未超过该上限，那么借款人需要按照约定支付利息。
   • 在此情况下，如果借款人已经支付了利息本金合计31万，但按照合法利率计算，其应支付的利息和本金总额可能并未达到已支付的31万加上仍需还款的47万（即总计78万）这一数额。然而，这还需具体计算借款期限、利率以及已还款的具体时间点等因素。
   • 计算公式（假设为简单利息计算，实际可能涉及复利或等额本息等复杂计算）：
     • 假设借款期限为n年，年利率为r（未超过LPR四倍），本金为60万。
     • 则n年后应支付的利息为：\(60万 \times r \times n\)。
     • 应支付的总金额为：\(60万 + 60万 \times r \times n\)。
     • 若已支付31万，则剩余应支付金额需根据具体还款情况计算，但不应简单地将总金额减去已支付金额得出仍需还款47万就判定为合法，还需考虑还款顺序（如先还利息还是先还本金）等因素。

2. 若借款时约定利率不合法：

   • 如果借款时约定的年利率超过了合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍，那么超过部分的利息是不受法律保护的。
   • 在此情况下，借款人只需支付合法范围内的利息和本金。如果已支付的31万中包含了超过合法利率的利息，那么借款人有权要求出借人返还超出部分的利息。
   • 对于仍需还款的47万，如果其中包含了超过合法利率的利息，则这部分金额是不合法的，借款人无需支付。

二、还款期限与还款方式角度

• 还款期限和还款方式也会影响剩余应还款金额的合法性。如果借款合同中明确规定了还款期限和还款方式（如等额本息、等额本金等），那么借款人应按照合同约定进行还款。
• 如果借款人未按照合同约定进行还款，出借人有权要求借款人支付逾期利息或违约金等。但这些额外费用也需在合法范围内，且需在借款合同中明确约定。

三、实际操作建议

1. 核查借款合同：首先，借款人应仔细核查借款合同中的条款，包括利率、还款期限、还款方式等，以确定自己应支付的利息和本金总额。
2. 计算已还款与剩余应还款：根据借款合同中的条款和已还款的具体情况，计算已支付的利息和本金以及剩余应支付的金额。如果发现仍需还款的金额与合法计算结果不符，应及时与出借人沟通并寻求法律帮助。
3. 咨询专业律师：如果借款人对借款合同的条款或还款情况存在疑问，或者认为出借人要求的还款金额不合法，应及时咨询专业律师以获取法律建议和支持。

综上所述，借款60万已经支付利息本金合计31万仍需还款47万是否合法，需根据借款时约定的利率、还款期限以及已还款的具体情况来判断。如果借款人对此存在疑问或认为出借人的要求不合法，应及时咨询专业律师以获取法律帮助。