公司倒查考勤本身不违法，但如果以倒查考勤为由克扣已发放的工资则违法。具体分析如下：

一. 倒查考勤的法律性质

• 倒查考勤是公司对员工出勤情况进行的一种事后核查行为，其本身并不直接构成违法行为。公司有权对员工的考勤进行管理，以确保员工按照公司规定出勤。

二. 工资发放与考勤的关系

• 工资是员工提供劳动后应得的报酬，其发放应基于员工实际的出勤和工作表现。如果公司已经根据员工当时的考勤记录发放了工资，那么事后倒查考勤不应成为克扣已发放工资的理由。

三. 克扣工资的法律后果

• 如果公司以倒查考勤为由，对已经发放的工资进行克扣，这可能构成对员工权益的侵害。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司应按时足额支付员工工资，不得无故克扣或拖欠。
• 若公司行为构成克扣工资，员工有权向劳动监察部门投诉，要求公司补发工资并可能面临相应的法律责任。

四. 特殊情况下的考量

• 如果公司在倒查考勤过程中发现员工确实存在虚假考勤的情况，且该行为导致了公司多支付了工资，那么公司有权要求员工退还多支付的工资部分。但这需要基于确凿的证据，并且应遵循合法的程序进行。

我建议：公司作为用人单位，应建立健全的考勤管理制度，确保考勤记录的准确性和公正性。同时，在工资发放前应进行充分的核对和审查，以避免因考勤问题而引发的纠纷。员工也应遵守公司的考勤规定，如实记录自己的出勤情况。如有进一步需要，您可以继续咨询我。