结论前置：项目没完成任务时，制度扣除提成超过40%是否合法，需根据具体情况判断，主要考量该扣除比例是否违反了相关法律法规及劳动合同的约定。

分析说明：

1. 法律法规角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位有权根据劳动者的工作表现及单位的规章制度对劳动者进行奖惩，但奖惩措施必须合法、合理，且不得违反劳动合同的约定。
   • 若用人单位的规章制度或劳动合同中明确规定了提成扣除的比例，且该比例不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照该规定扣除提成是合法的。

2. 劳动合同约定角度：

   • 劳动者与用人单位签订的劳动合同中，若对提成计算及扣除有明确的约定，且该约定不违反法律法规，则用人单位应依据劳动合同执行。
   • 若劳动合同中未对提成扣除比例进行明确约定，或约定不明确，用人单位单方面决定扣除超过40%的提成，可能构成对劳动合同的违反，劳动者有权提出异议。

3. 合理性考量：

   • 即便用人单位的规章制度或劳动合同中规定了提成扣除的比例，但该比例若过高，显失公平，也可能被认定为不合法。
   • 法院在审理此类案件时，会综合考虑用人单位的经营状况、劳动者的过错程度、提成扣除的比例是否合理等因素，作出是否合法的判断。

建议：

• 若你对提成扣除比例有异议，建议首先查阅劳动合同及用人单位的规章制度，了解提成计算及扣除的具体约定。
• 若认为用人单位的扣除行为不合法，可与用人单位进行沟通协商，要求调整扣除比例或解释扣除依据。
• 若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉，或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

总之，项目没完成任务时，制度扣除提成超过40%是否合法，需结合具体情况及法律法规、劳动合同约定等因素进行综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。