六月工资九月底发是否违法，取决于具体的工资发放约定和法律法规。
根据劳动合同或公司规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了工资发放的时间，比如规定每月工资应在次月某日前发放，那么六月工资九月底发就违反了这一约定，属于违法行为。
- 如果劳动合同或公司规定中没有明确具体的发放时间，但按照惯例或行业习惯，工资通常应在每月的某个固定时间发放，而九月底发放六月工资显然超出了合理的时间范围，也可能被视为违反约定。
根据劳动法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。虽然法律没有明确规定具体的发放时间，但要求工资应按月支付，且不得无故拖欠。
- 如果九月底发放六月工资，且没有合理的解释或依据，如公司财务困难、银行系统问题等，那么这种行为很可能被视为无故拖欠工资，从而构成违法行为。
特殊情况：
- 如果存在特殊情况，如公司因经营困难、自然灾害等不可抗力因素导致工资发放延迟，且公司及时与劳动者沟通并说明了情况，那么这种延迟发放可能不被视为违法行为。
综上所述，六月工资九月底发是否违法，需要根据具体的劳动合同或公司规定以及劳动法律法规来判断。如果违反了相关规定或约定，那么这种行为就是违法的。劳动者有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的合法权益。如果你有更具体的情况或疑问，可以直接向我咨询。