员工上班途中自己不小心摔伤了腿，休息三月后仍不能上班，单位应批准其病假申请。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 员工上班途中摔伤的性质

• 员工在上班途中摔伤，虽非因工受伤，但仍属于员工个人健康原因导致的无法工作。
• 根据《劳动法》和相关规定，员工因病或者非因工负伤，有权享受病假待遇。

二. 病假的申请与批准

• 员工因病需要休息，应向单位提出病假申请，并提供相应的医疗证明。
• 单位在收到员工的病假申请和医疗证明后，应根据实际情况批准员工的病假。
• 在本题中，员工已休息三月仍不能上班，且已向单位请假，单位应依据医疗证明和实际情况批准其病假申请。

三. 单位的责任

• 单位在员工病假期间，应按照国家规定支付员工病假工资或疾病救济费。
• 单位不得因员工请病假而解除其劳动合同，除非符合法律规定的解除劳动合同的条件。

四. 员工的权益保护

• 如单位拒绝批准病假或未按规定支付病假工资，员工可以向劳动监察部门投诉，或提起劳动仲裁、诉讼来维护自己的合法权益。

综上所述，员工上班途中自己不小心摔伤了腿，休息三月后仍不能上班，单位应批准其病假申请，并支付相应的病假工资或疾病救济费。如单位拒绝，员工可以采取法律手段维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。