新兵下连第二年被安排培训卫生员是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一. 军事训练与兵役法规定
军事训练内容多样：根据《兵役法》的有关规定，未服过现役的基干民兵要在18岁至20岁参加30天至40天的军事训练，训练内容可能涉及多个方面，包括卫生员等专业技能的培训。虽然这一规定主要针对的是民兵，但同样体现了军事训练中技能多样化的特点。
学生军事训练：《兵役法》还规定了高等院校和高级中学学生的军事训练，这是在校学生接受国防教育、履行兵役义务的一种形式。这表明，军事训练不仅限于现役军人，也涵盖了更广泛的人群，且训练内容可以包括专业技能的培训。
二. 部队内部培训与岗位需求
部队内部培训机制：部队根据实际需要，会对士兵进行各种专业技能的培训，以满足不同岗位的需求。卫生员作为部队卫生工作的重要组成部分，其培训是符合部队内部培训机制的。
岗位需求与分配：新兵下连后，部队会根据岗位需求和个人表现等因素进行分配。如果某个单位或岗位需要卫生员，且该新兵具备学习卫生员技能的潜力和条件，那么安排其培训卫生员是合理且合法的。
三. 个人意愿与合同约束
个人意愿：虽然部队有权根据岗位需求安排培训，但也会尊重士兵的个人意愿。如果士兵对培训卫生员不感兴趣或不愿意从事相关工作，可以与部队进行沟通协商。
合同约束：如果士兵在参加培训前签订了相关合同或协议，并明确表达了愿意在部队长期服役并接受相关培训的意愿，那么根据合同约定，士兵需要履行相应的义务。但请注意，这并不意味着部队可以无限制地强制士兵留队或从事其不愿意的工作。在合同履行过程中，双方应遵循平等、自愿的原则进行协商。
综上所述，新兵下连第二年被安排培训卫生员是合法的，这既符合《兵役法》的规定，也符合部队内部培训机制和岗位需求。当然，在具体实施过程中，应充分尊重士兵的个人意愿和合同约束，确保培训的合法性和合理性。
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