关于双方对工程款不能自行结算时是否必须申请鉴定的问题，我可以给出以下明确的结论和建议：
结论：双方对工程款不能自行结算时，并非必须申请鉴定，但鉴定在某些情况下是解决工程款纠纷的有效手段。
分析说明：
非必须鉴定的情况：
- 如果双方在施工合同中有明确的工程款计算方式或固定价结算的约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照约定进行结算，无需申请鉴定。
- 如果双方在诉讼前已经对建设工程价款进行了结算，并达成了结算协议，那么诉讼中一方当事人申请对工程造价进行鉴定的，人民法院通常不会准许。
需要鉴定的情况：
- 当双方对工程款金额存在重大争议，且无法通过协商达成一致时，鉴定可以成为解决纠纷的重要手段。
- 特别是在建工领域，由于涉及到很多专业性的问题，无法依靠法律来直接认定工程款金额，因此往往需要启动造价鉴定来解决争议。
鉴定的启动与程序：
- 一方当事人可以向法院提出鉴定申请，说明鉴定的必要性和理由。
- 法院会审查鉴定的合理性和必要性，如果认为鉴定对于解决纠纷具有关键作用，会依法准许启动鉴定程序。
- 鉴定程序启动后，需要确定鉴定范围、鉴定方法、鉴定机构等，并由鉴定机构出具鉴定意见书。
鉴定的效力与反驳：
- 鉴定结果通常具有参照效力，可以作为法院判决的重要依据。
- 如果一方当事人对鉴定结果有异议，可以提出新的证据进行反驳或申请重新鉴定。
建议：
- 在双方对工程款不能自行结算时，首先应当尝试通过协商、调解等方式解决争议。
- 如果协商无果，且双方对工程款金额存在重大争议，可以考虑申请鉴定以明确工程款金额。
- 在申请鉴定前，建议咨询专业律师以了解鉴定的必要性、程序及可能产生的法律后果。
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