针对你提出的问题，“甲方盖公司实体章后扫描给我，我直接在扫描件上签字，这样的合同生效吗？”我的回答如下：
结论前置：这样的合同在大多数情况下是有效的，但前提是双方都有明确的意愿，合同内容合法且清晰，并且符合当地的法律法规要求及电子签名的相关规定。
详细分析：
法律效力与形式要求：
- 根据《民法典》及《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，当事人订立合同可以采用书面形式，包括可以有形地表现所载内容的电子化形式，如扫描件。只要双方就合同条款达成真实的意思表示一致，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即使以扫描件形式存在并先后盖章签字，合同依然具有法律效力。
双方真实意图的表达：
- 合同的有效性取决于双方的真实意愿。如果甲方先盖章并将扫描件发送给你，你作为乙方在扫描件上签字，并且双方都明确同意以这种电子形式签订合同，那么这不会影响合同的效力。
合同内容的合法性：
- 合同的内容必须明确、合法，并且符合相关法律法规的要求。任何违法或模糊的内容都可能导致合同无效。
电子签名的有效性：
- 在电子环境下，签名的有效性也是合同生效的关键因素。虽然你的签字是直接在扫描件上进行的，但如果双方都认可这种方式，并且没有其他法律规定要求必须使用特定的电子签名形式，那么你的签字应被视为有效。
证据保存与证明力：
- 扫描件作为合同的一种形式，在发生纠纷时可能面临证明力较弱的问题。因此，建议在条件允许的情况下，双方应交换原始合同文本存档，或者采取其他措施来增强合同的证明力，如使用数字签名或特定的电子签名平台。
综合建议：
- 在签订合同时，应确保双方都有明确的意愿，合同内容合法且清晰，并符合当地的法律法规要求。
- 为增强合同的证明力和安全性，建议在条件允许的情况下交换原始合同文本，并采取适当的措施来保存和验证合同文件。
- 如果对合同的签订形式或法律效力有任何疑问，建议咨询专业律师以确保合同的合法性和有效性。
总的来说，虽然你直接在甲方盖章的扫描件上签字可能引发一些关于合同形式有效性的担忧，但只要双方都有明确的意愿，合同内容合法且清晰，并且符合当地的法律法规要求，这样的合同在大多数情况下是有效的。