公司以员工有病不能上夜班而取消加班是合理的。下面我从法律角度和实际操作层面为您详细解析：

法律角度

1. 劳动者健康权保护：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，企业应当尊重并保护劳动者的身心健康。员工因病不能上夜班，属于其健康权受到保护的范围。企业在此情况下取消加班安排，是遵循法律规定，保护员工健康权益的体现。

2. 加班的非强制性：加班并非员工的日常工作职责，而是基于工作需要和双方协商的结果。员工因病无法承担加班任务时，企业有权根据实际情况调整工作安排，取消加班并不构成对员工的不当对待。

实际操作层面

1. 人性化管理：企业取消因病不能上夜班的员工加班，体现了人性化管理理念。这种做法有助于增强员工的归属感，提高工作积极性，同时也有助于维护企业的良好形象。

2. 避免潜在风险：员工在生病状态下加班，可能会因身体状况不佳导致工作效率低下，甚至可能引发更严重的健康问题。企业取消加班安排，可以避免因员工健康问题带来的潜在工作风险和法律责任。

综上所述，公司以员工有病不能上夜班而取消加班是合理的，既符合法律规定，又体现了人性化管理理念。如果您在此类问题上遇到纠纷或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会为您提供专业的法律帮助。