员工以身体不舒服为由不上夜班是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若员工身体不舒服的情况真实且严重，确实无法胜任夜班工作：
- 在这种情况下，员工不上夜班并不违法。根据《劳动法》的相关规定，劳动者有权根据自己的身体状况提出合理的休息或调整工作安排的要求。如果员工因身体原因无法胜任夜班工作，应当及时向用人单位说明情况，并提供相应的医疗证明。用人单位在核实情况后，应当根据实际情况调整员工的工作安排，如安排白班或给予病假等。
若员工身体不舒服的情况不真实或不足以构成无法胜任夜班工作的理由：
- 如果员工以身体不舒服为由拒绝上夜班，但实际上其身体状况并不影响工作，或者这种不舒服的感觉并不足以构成无法胜任夜班工作的理由，那么员工的行为可能构成违反用人单位的规章制度或劳动合同约定。在这种情况下，用人单位有权根据规章制度或劳动合同对员工进行相应的处理，如警告、罚款、甚至解除劳动合同等。但需要注意的是，用人单位在处理此类情况时，应当确保处理措施的合法性和合理性，避免侵犯员工的合法权益。
进一步的分析与建议：
- 对于员工而言：如果确实因身体原因无法胜任夜班工作，应当及时向用人单位说明情况，并提供医疗证明。同时，员工也应当了解自己的身体状况，合理安排工作和休息时间，避免过度劳累导致身体出现问题。
- 对于用人单位而言：应当建立健全的规章制度和劳动合同管理制度，明确员工的工作职责和休息休假权利。在处理员工因身体原因拒绝上夜班的情况时，应当核实员工的身体状况，并根据实际情况调整工作安排。同时，用人单位也应当关注员工的身心健康状况，提供必要的支持和帮助。
可能涉及的法律后果：
- 如果员工因身体原因无法胜任夜班工作而拒绝上夜班，且用人单位未根据实际情况调整工作安排或处理不当，导致员工权益受损的，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位承担相应的法律责任。
- 如果员工以身体不舒服为由拒绝上夜班，但实际上其身体状况并不影响工作，且用人单位能够证明员工的行为违反了规章制度或劳动合同约定，那么用人单位有权对员工进行相应的处理。但处理措施必须合法合理，否则可能面临法律风险。
总之，员工以身体不舒服为由不上夜班是否违法，需要根据具体情况进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。