国企跨年休病假三个月，确实可能会影响绩效工资。具体分析如下：

首先，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，可以给予三个月到二十四个月的医疗期。因此，跨年休病假三个月是在法律规定的医疗期范围内的。

然而，关于绩效工资的具体支付情况，通常需要根据企业的内部规章制度以及劳动合同中的相关约定来确定。一般来说，绩效工资是与员工的工作表现、出勤情况等因素挂钩的。如果员工因病假导致出勤率下降或者工作表现受到影响，那么绩效工资很可能会相应减少。

此外，有些企业可能会规定，员工在病假期间不享受绩效工资或者绩效工资按一定比例扣减。因此，具体的影响程度还需要参考企业的具体规定。

综上所述，国企跨年休病假三个月很可能会影响绩效工资。建议您查阅所在企业的内部规章制度以及劳动合同中的相关约定，了解具体的支付情况。如果有任何疑问或争议，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。