关于三个月病假是否影响年终奖的问题，这主要取决于用人单位的劳动合同、规章制度中的具体规定以及法律层面的相关要求。以下是对此问题的详细分析：
劳动合同或规章制度有明确规定
- 若规定年终奖与病假时长挂钩：例如，劳动合同或规章制度中明确规定，员工请病假超过一定期限（如两个月或三个月）将不享受年终奖，或者年终奖的发放比例与病假时长成反比。在这种情况下，如果员工请了三个月病假，且该规定不违反法律法规的强制性要求，那么员工可能无法获得全额年终奖，甚至可能无法获得年终奖。但需注意，用人单位不能因员工请病假而歧视性地完全剥夺其获得合理劳动报酬的权利，这种规定应当合理且公平。
- 若规定年终奖与出勤、绩效等综合挂钩：有些用人单位可能将年终奖的发放与员工的出勤情况、工作绩效等多个因素综合挂钩。在这种情况下，即使员工请了三个月病假，但如果其在其他工作时间内表现优秀，为公司创造了显著价值，且病假期间的表现也符合公司要求，那么员工仍有可能获得年终奖，只是金额可能会受到一定影响。
劳动合同或规章制度无明确规定
- 从公平合理原则出发：在劳动合同和规章制度均未对年终奖与病假关系作出规定的情况下，应从公平合理的角度出发。员工请病假是法律赋予的权利，不应因此影响其应得的奖励。如果员工在病假期间外的工作时间内正常履行工作职责，为公司创造了价值，那么员工应有权获得适当的年终奖。法院或劳动仲裁机构在审理此类纠纷时，也会综合考虑员工的工作表现、贡献程度等因素来判定。
- 考虑企业自主经营权：虽然年终奖并非法定福利，法律并未强制要求用人单位必须发放，但用人单位在行使自主决定奖金发放的权利时，也应遵循公平合理原则。如果用人单位以经营效益不佳、整体奖金发放政策调整等合理理由决定不发放请病假员工的年终奖金，并能提供合理说明和相关证据，这种做法可能被认可。然而，若用人单位仅仅因员工请病假而随意剥夺其获得年终奖金的机会，则可能被认定为不合理。
法律层面
- 年终奖的非法定性：年终奖并非法定福利，法律并未强制要求用人单位必须发放年终奖金。因此，在用人单位规章制度和劳动合同均没有明确规定的情况下，用人单位有权自主决定是否发放年终奖金。
- 制度执行的合法性：若用人单位已经建立了年终奖金制度，并且员工符合发放条件（包括未因请病假而被明确排除在外），则用人单位应当按照制度规定发放年终奖金，不得随意取消或扣减。否则，可能构成违法，员工有权依法维权。
建议：
- 员工方面：在请病假前，建议与用人单位沟通确认年终奖金的相关事宜，明确双方的权利和义务。同时，保留好与病假、工作表现等相关的证据，以备不时之需。
- 用人单位方面：在制定劳动合同和规章制度时，应尽可能明确年终奖金的发放条件和标准，确保制度的公平性和合理性。同时，在执行制度时，也应遵循公平合理原则，避免随意剥夺员工的合法权益。
综上所述，三个月病假是否影响年终奖的发放需根据具体情况而定。在处理此类问题时，应综合考虑劳动合同、规章制度、法律层面以及公平合理原则等多个因素。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。