针对您提出的“高铁进站停车小程序收费3千合法吗”的问题，我们需要从多个方面进行分析。

首先，高铁停车场的收费标准通常受到当地物价管理部门或相关政府部门的监管和审批。因此，判断收费是否合法，一个关键的因素是看这个收费标准是否已经得到了相关政府部门的批准。如果收费标准已经过政府部门的审批，并且在小程序中明码标价，那么通常这个收费是合法的。

其次，从您提供的参考信息来看，太仓市高铁站停车场的收费标准是经过太仓市发改委核准的，并且有明确的文件依据，如《关于优化太仓站停车场24小时内封顶收费方式的通知》等。这表明太仓市高铁站的停车收费是经过合法程序的。当然，具体的收费标准可能因地区、高铁站的不同而有所差异。

然而，对于您提到的“收费3千”这一具体数额，这显然是一个非常高的数字，远远超出了通常的高铁停车场收费标准。如果这是实际发生的情况，那么有几种可能：一是可能存在误解或误操作，比如计费系统出现了错误；二是可能存在特殊的收费情况，比如长期停车、占用特殊停车位等；三是可能存在非法收费或欺诈行为。

在这种情况下，建议您首先核实收费明细和计费规则，确认是否存在误操作或计费系统错误。如果确认收费确实存在问题，您可以向高铁停车场的管理方或当地物价管理部门进行投诉和举报，以维护自己的合法权益。

最后，需要强调的是，任何收费都应该遵循公平、公正、合法的原则，并且应该明码标价、透明公开。如果遇到非法收费或欺诈行为，消费者有权进行投诉和举报，以维护市场秩序和自己的合法权益。