员工用营业执照办健康证收钱不合法。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
一. 健康证办理的费用承担
- 根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度，并承担从业人员健康检查的费用。这意味着，办理健康证的费用应当由食品生产经营者（如公司、餐馆等）来承担，而不是由员工个人承担。
二. 员工用营业执照办健康证收钱的性质
- 如果员工利用营业执照办理健康证并收取费用，这实际上是在非法牟利，违反了食品生产经营者应承担的责任。这种行为可能构成不当得利，甚至可能触犯相关法律法规，如非法经营等。
三. 法律后果
- 若员工非法收取办理健康证的费用，食品生产经营者有权要求员工退还所收费用，并可能对员工进行纪律处分。
- 在严重情况下，员工的行为可能构成违法行为，需要承担相应的法律责任。
综上所述，员工用营业执照办健康证收钱是不合法的。这种行为违反了《中华人民共和国食品安全法》中关于健康证办理费用承担的规定，且可能构成不当得利或违法行为。我建议食品生产经营者应加强内部管理，确保健康证办理费用的合规性，并防止员工利用营业执照进行非法牟利。如有进一步需要，您可以继续咨询我。