在总包单位不服甲方管理的情况下，甲方可以采取以下措施来妥善处理这一问题：

1. 沟通协商：

   • 首先，甲方应与总包单位进行深入的沟通，明确指出其不服从管理的具体行为以及这些行为对项目进度、质量、安全等方面造成的不良影响。
   • 通过沟通，尝试了解总包单位不服从管理的具体原因，是出于误解、利益冲突还是其他原因，并寻求双方都能接受的解决方案。

2. 依据合同条款处理：

   • 双方签订的施工合同中通常会对总包单位的管理要求、违约责任等进行明确约定。
   • 甲方应仔细查阅合同条款，找到与总包单位不服从管理相关的约定，并按照合同约定的程序和处理方式进行处理。

3. 发出书面整改通知：

   • 如果沟通无果，甲方可以向总包单位发出书面整改通知，明确列出需要整改的具体事项、整改期限以及未整改或整改不到位的后果。
   • 书面整改通知应具有正式性和法律效力，以确保总包单位能够重视并采取相应的整改措施。

4. 采取法律手段：

   • 如果总包单位仍然拒不改正，甲方可以根据合同约定和相关法律法规，采取扣除相应工程款、暂停支付工程款、解除合同等法律手段来维护自身的合法权益。
   • 在采取法律手段前，甲方应确保自身行为的合法性和合规性，并咨询专业律师的意见，以避免引发不必要的法律纠纷。

5. 寻求第三方调解或仲裁：

   • 如果双方争议较大，无法通过沟通协商解决，甲方可以考虑寻求第三方调解或仲裁机构的帮助。
   • 第三方调解或仲裁机构能够提供更专业、更中立的解决方案，有助于双方更快地解决争议并恢复项目的正常进行。

综上所述，处理总包单位不服甲方管理的问题需要甲方采取多种措施，包括沟通协商、依据合同条款处理、发出书面整改通知、采取法律手段以及寻求第三方调解或仲裁等。在处理过程中，甲方应保持冷静和理性，遵循法律法规和合同条款的规定，以确保自身的合法权益得到维护。同时，也应注意与总包单位的沟通和合作，共同推动项目的顺利进行。