当分包单位不服从总包单位的安全管理时，总包单位可以采取以下措施来妥善处理这一问题：
首先，明确结论：总包单位应依据合同条款、通过沟通与协商、采取经济措施、行使合同解除权以及借助外部力量等多种方式，综合应对分包单位不服从安全管理的问题，并确保所有行为合法合规。
具体处理策略如下：
依据合同约定处理：
- 总包单位应仔细查阅与分包单位签订的合同，特别是关于安全管理、双方权利义务及违约责任的条款。
- 如分包单位违反安全管理规定，总包单位可立即发出书面警告，要求分包单位在规定时间内整改，并提交整改方案。
沟通协商解决：
- 组织双方会议，了解分包单位不服从管理的原因，如存在理解误区或实际困难。
- 与分包单位共同探讨解决方案，如详细解释安全管理要求、提供必要支持或调整管理要求，以达成共识。
采取经济措施：
- 如分包单位拒不整改，总包单位可按合同约定扣除违约金，但需确保程序合法。
- 也可考虑暂停支付部分或全部工程款，以此促使分包单位履行安全管理要求。
行使合同解除权：
- 如分包单位严重不服从管理，达到合同约定的解除条件，总包单位有权解除合同。
- 解除合同前，需按合同约定方式和程序向分包单位发出书面解除通知，并明确解除合同的原因、依据及时间。
借助外部力量：
- 如自身努力无法解决问题，可向当地建设行业主管部门反映情况，寻求协调和支持。
- 在必要时，也可通过法律途径维护自身权益，如向人民法院提起诉讼。
此外，预防与管理同样重要：
- 总包单位应加强分包管理和监督，建立完善的分包管理制度。
- 定期对分包单位进行考核和评价，及时处理和解决分包过程中出现的各种问题。
- 通过加强预防和管理措施，避免类似问题的再次发生。
综上所述，总包单位在处理分包单位不服从安全管理的问题时，应综合运用多种手段，并确保行为的合法性和合规性。同时，加强预防和管理是避免类似问题再次发生的关键所在。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。