当施工单位总工不配合甲方时，甲方可以采取以下措施来应对：

1. 沟通协商与正式沟通：

   • 组织会议：首先，甲方可以尝试与施工单位总工进行面对面的沟通，组织专题会议，明确指出不配合的问题所在，并倾听其意见和困难，共同寻求解决方案。这种方式有助于增进理解，消除误会。
   • 书面函件：若口头沟通效果不佳，甲方可以通过书面函件的形式，正式告知施工单位总工其不配合的行为及可能带来的后果，要求其在规定时间内给予回复并提出整改措施。书面沟通具有严肃性和可追溯性，有助于引起对方的重视。

2. 依据合同条款采取措施：

   • 审查合同：甲方应仔细审查与施工单位签订的合同，特别是关于施工单位应配合甲方工作的条款及违约处理规定。
   • 扣除违约金或采取惩罚措施：若施工单位总工的行为违反了合同条款，甲方可以按照合同约定，扣除相应的违约金或采取其他约定的惩罚措施，以维护自身权益。

3. 暂停支付与法律威慑：

   • 暂停支付工程款项：在合同允许的范围内，甲方可以根据施工单位总工不配合的程度，暂停支付部分工程款项，并书面通知原因及金额。这种方式可以作为一种经济手段，促使施工单位总工积极配合甲方工作。
   • 发送律师函：若施工单位总工的行为严重影响项目进展，甲方可以向其发送律师函，表明将通过法律途径追究责任。律师函具有法律威慑力，有助于促使对方改正错误。

4. 解除合同与法律追究：

   • 解除合同：在施工单位总工严重不配合且多次沟通、警告无效，达到合同解除条件时，甲方可以依法解除合同。解除合同前，甲方应收集充分证据，并遵循严格的法律程序，以应对可能的法律纠纷。
   • 法律追究：若因施工单位总工的不配合行为给甲方造成了损失，甲方可以通过法律途径追究其赔偿责任。这包括但不限于提起民事诉讼或申请仲裁等。

5. 加强现场监督与整改通知：

   • 增派管理人员或监理机构：甲方可以增派专业管理人员或聘请第三方监理机构，加强对施工现场的监督，确保施工单位总工按照合同要求进行工作。
   • 发出整改通知：对于发现的问题，甲方应以正式的整改通知书形式要求施工单位总工限期整改，并明确整改标准和期限。整改通知书应具有法律效力，以确保施工单位总工认真对待并按时完成整改。

6. 行业通报与信誉影响：

   • 向主管部门或行业协会反映：对于拒不改正的施工单位总工，甲方可以向当地建设行业主管部门或相关行业协会反映情况，由其进行通报批评。这种方式可以影响施工单位总工的行业信誉和未来承接项目的能力。

在处理此类问题时，甲方还需注意以下几点：

• 保留证据：在处理过程中，甲方应详细记录施工单位总工的不配合行为及自身的管理措施，确保有充分的证据支持后续的法律行动。
• 合法合规：甲方在采取任何措施时，都应确保合法合规，避免侵犯施工单位的合法权益。
• 寻求专业支持：若问题复杂或涉及法律纠纷，甲方可以寻求专业律师的支持和协助，以确保自身权益得到充分维护。

若您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。