针对“乙方不配合甲方工作怎么办”这一问题，需从法律关系、合同条款及实际处理策略三个角度综合分析，具体如下：

一、法律关系与合同条款审查

1. 合同效力与义务界定
   根据《民法典》第465条，依法成立的合同对双方具有法律约束力。若乙方不配合行为违反合同明确约定的义务（如交付成果、配合验收等），甲方有权依据合同条款要求乙方履行义务或承担违约责任。
   关键点：需审查合同中是否明确约定乙方的配合义务及违约责任条款（如违约金、赔偿损失等）。若合同未约定，则需结合行业惯例或实际损失主张权利。

2. 法定配合义务的认定
   即使合同未明确约定，若乙方行为违反《民法典》第509条规定的“全面履行义务原则”或第577条规定的“违约责任”（如故意拖延、拒绝协作导致合同目的无法实现），甲方仍可要求乙方承担继续履行、赔偿损失等责任。
   示例：在建设工程合同中，承包方（乙方）拒绝提供施工资料导致无法竣工验收，发包方（甲方）可主张乙方违约并要求赔偿工期延误损失。

二、实际处理策略

1. 协商与书面催告

   • 步骤：甲方应首先通过书面函件（如律师函）明确要求乙方履行配合义务，并设定合理期限（如7-15日），同时留存送达证据（如EMS签收记录）。
     
   • 目的：固定乙方违约事实，为后续诉讼或仲裁提供证据支持。

2. 合同解除权行使
   若乙方行为构成根本违约（如长期拒不配合导致合同目的无法实现），甲方可依据《民法典》第563条解除合同，并要求乙方赔偿损失（包括直接损失和可得利益损失）。
   注意：解除合同需通过书面通知方式行使，并保留通知送达证据。

3. 诉讼/仲裁程序启动

   • 管辖依据：根据合同约定或法定管辖（如被告住所地、合同履行地法院）提起诉讼或申请仲裁。
     
   • 证据清单：需提交合同文本、乙方不配合的证据（如邮件、聊天记录、现场照片）、损失计算依据（如第三方评估报告）等。
     
   • 诉讼请求设计：可同时主张继续履行、违约金、赔偿损失等，但需注意避免重复主张（如违约金与赔偿损失不可同时主张，除非合同另有约定）。

三、风险防范建议

1. 合同条款完善
   在签订合同时，应明确约定乙方的配合义务、违约责任及争议解决方式（如仲裁条款），减少后续纠纷。
   示例条款：“乙方应于收到甲方通知后3日内提供施工资料，逾期每日按合同总价的0.1%支付违约金；逾期超过15日，甲方有权解除合同并要求赔偿全部损失。”

2. 过程管理留痕
   在合同履行过程中，甲方应通过书面形式（如工作联系单、会议纪要）记录乙方不配合的行为，并要求乙方签字确认，避免口头沟通导致举证困难。

3. 替代方案准备
   若乙方拒不配合且合同目的已无法实现，甲方可提前联系第三方机构（如检测单位、评估公司）介入，固定现状证据，减少损失扩大风险。

总结：乙方不配合工作的处理需以合同条款为基础，结合法律规定采取协商、催告、解除合同或诉讼等步骤。建议甲方优先通过书面方式固定证据，并根据违约严重程度选择最经济的救济途径。如有具体案情或合同文本，可进一步向我咨询以制定针对性策略。