环境监测机构自行给员工颁发的上岗证，在特定情况下可能不合法。具体分析如下：

一. 法律法规依据

根据《环境监测质量管理规定》第十条和《环境监测人员持证上岗考核制度》的相关规定：

• 《环境监测质量管理规定》第十条：从事监测、数据评价、质量管理以及与监测活动相关的人员必须经国家、省级环境保护行政主管部门或其授权部门考核认证，取得上岗合格证。
• 《环境监测人员持证上岗考核制度》第二条、第十二条：环境监测人员上岗合格证应由国家、省级环境保护行政主管部门或其授权部门颁发。

这些规定明确指出了环境监测人员的上岗证需由国家或省级环境保护行政主管部门或其授权部门颁发，而非环境监测机构自行颁发。

二. 实际案例分析

• 在某些司法案例中，如广西壮族自治区贵港市的一起行政诉讼案件中，法院就判决了环境监测公司自行给员工颁发上岗证是不合规的。法院认为，该监测报告的分析人员上岗证由公司自行颁发，不符合上述规定，因此该监测报告不能作为处罚的有效依据。

三. 特殊情况考虑

虽然一般情况下环境监测机构自行颁发的上岗证不合法，但也存在特殊情况。例如，对于社会环境监测机构，其人员上岗证的管理可能由市场监管部门或其他相关机构负责，而非直接由国家或省级环境保护行政主管部门颁发。然而，这并不意味着社会环境监测机构可以自行颁发上岗证，而是需要遵循相应的管理规定和程序。

我建议：环境监测机构在颁发上岗证时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保上岗证的合法性和有效性。如有任何疑问或不确定之处，应及时咨询相关部门或专业机构，以避免因违规操作而引发的法律风险。

• 例如，如果环境监测机构未经授权自行颁发上岗证，可能导致其出具的监测报告在行政执法或司法程序中不被认可，进而影响机构的声誉和业务开展。

总结：环境监测机构自行给员工颁发的上岗证在大多数情况下是不合法的，应严格按照相关法律法规的规定办理上岗证。如有进一步需要，您可以继续咨询我。