公司不支付证书使用费，劳动者能否申请仲裁，需根据具体情况分析。

一. 若证书使用费被认定为劳动报酬的一部分，则可以申请仲裁

• 分析：根据劳动法的相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定，按时足额支付劳动者的劳动报酬。若用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了证书使用费，且该费用被认定为劳动报酬的一部分，那么用人单位未支付该费用，就构成了拖欠劳动报酬的行为。
• 法律依据：虽然此情况未直接提及具体法条，但基于劳动法关于劳动报酬支付的基本原则，劳动者有权就拖欠劳动报酬申请仲裁。
• 实例：假设劳动者与用人单位在合同中明确约定，劳动者提供某专业证书供单位使用，单位需每月支付一定费用作为报酬。若单位未支付，劳动者即可依据此约定申请仲裁。

二. 若证书使用费不被认定为劳动报酬，或双方未明确约定，则可能无法直接申请仲裁

• 分析：在司法实践中，对于证书使用费的性质认定存在差异。部分法院可能认为该费用不属于劳动争议仲裁的受案范围，尤其是当双方未明确约定该费用为劳动报酬时。
• 法律依据：参考天津市西青区劳动人事争议仲裁委员会及天津市相关法院的判决，崔某要求支付证书注册使用费用的请求被驳回，因为该费用争议不被视为劳动争议案件受理范围。
• 实例：若劳动者与用人单位未就证书使用费进行明确约定，或约定不明确，导致该费用性质模糊，那么劳动者在申请仲裁时可能会面临被驳回的风险。

我建议：劳动者在与用人单位签署劳动合同时，应明确约定证书使用费的性质、金额及支付方式，以确保自身权益得到保障。若发生纠纷，可先与用人单位协商解决；协商不成时，根据具体情况考虑是否申请仲裁或诉讼。如有进一步需要，您可以继续咨询我。