二建挂靠证书企业不支付费用，一般不可以直接申请劳动仲裁。下面我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 劳动关系与挂靠关系的区别：

   • 劳动关系是指用人单位与劳动者之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。而挂靠证书，通常指的是个人将其专业资格证书挂靠到某家企业，以获取一定的费用，但双方并不形成实际的劳动关系。
   • 劳动仲裁主要解决的是劳动关系中的争议，如工资、工时、休息休假、社会保险等。

2. 挂靠证书费用纠纷的性质：

   • 挂靠证书费用纠纷，实质上是一种基于挂靠合同而产生的民事纠纷，而非劳动争议。
   • 此类纠纷应当通过民事诉讼途径解决，即向法院提起诉讼，而非申请劳动仲裁。

3. 法律建议：

   • 如果你与企业之间就挂靠证书费用存在纠纷，建议首先尝试通过协商的方式解决。
   • 如果协商无果，你可以准备相关证据（如挂靠合同、支付记录等），向法院提起民事诉讼，要求企业支付相应的费用。
   • 在诉讼过程中，你可能需要聘请专业律师为你提供法律帮助，以确保你的权益得到有效维护。

综上所述，二建挂靠证书企业不支付费用，一般不可以直接申请劳动仲裁。你应当通过民事诉讼途径来解决此类纠纷。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。