员工被查出犯罪，公司应依据法律规定和具体情况对员工进行相应处理，可能包括解除劳动合同、配合司法机关调查以及依据公司规章制度进行处罚。

一. 解除劳动合同

• 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，虽然该法第四十七条主要规定了经济补偿的支付标准，但并未直接规定员工犯罪时的处理方式。然而，在实际操作中，员工被查出犯罪往往构成严重违反公司规章制度或劳动纪律的情形，公司有权依据《劳动合同法》第三十九条的规定，单方面解除劳动合同，且无需支付经济补偿。

二. 配合司法机关调查

• 当员工被查出犯罪时，公司应积极配合司法机关的调查工作，如提供员工的相关信息、工作记录等，以便司法机关能够准确、及时地查明事实，作出公正处理。

三. 依据公司规章制度进行处罚

• 除了上述法律层面的处理外，公司还可以依据自身的规章制度对员工进行处罚。例如，公司规章制度中可能规定了对员工犯罪行为的处罚措施，如开除、罚款等。在符合法律法规的前提下，公司可以按照规章制度的规定对员工进行相应的处罚。

四. 对单位犯罪的直接责任人员的处理

• 如果员工的犯罪行为构成单位犯罪的一部分，根据《中华人民共和国刑法》第三十一条的规定，单位应被判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。在这种情况下，公司应依法承担相应的法律责任，并配合司法机关对直接责任人员进行处理。

我建议：公司在处理员工犯罪问题时，应严格遵循法律法规的规定，确保处理方式的合法性和公正性。同时，公司也应加强内部管理和制度建设，预防员工犯罪行为的发生，维护公司的合法权益和社会形象。如有进一步需要，您可以继续咨询我。