一般情况下，只工作两天离职不会进入公司正式的人事档案。但具体情况可能因公司规定、行业性质及地区政策而异，以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况
试用期记录：在大多数情况下，员工在试用期的短暂工作经历（如只工作两天）不会被记录在正式的人事档案中。人事档案通常用于记录员工的长期职业发展、重要工作表现及奖惩情况等关键信息，而短暂的工作经历通常不符合这些记录的标准。
公司规定：许多公司在处理短期离职员工时，遵循一定的管理规范，不会将其信息纳入正式的人事档案管理系统。这些记录可能仅在公司内部的人力资源系统中以电子或纸质形式保留一段时间，用于统计、分析或参考，但并不会成为员工个人档案的一部分。
二、特殊情况
特殊行业或岗位：在某些对人员背景审查严格的行业（如金融、安全等），即使是短暂的任职经历也可能被记录在案。这主要是为了确保从业人员的资质、信誉及工作经历符合行业标准及监管要求。
公司政策：部分公司可能有自己的特殊规定，要求将所有员工的入职、离职信息（无论工作时间长短）都记录在人事档案中。这种情况下，即使只工作了两天，离职记录也可能会被存档。但这种情况相对较少见，且通常会在公司入职时明确告知员工。
法律纠纷或争议：如果离职过程中存在法律纠纷或争议（如劳动仲裁、诉讼等），相关记录可能会作为证据被保存下来，并有可能在特定情况下进入个人档案。但这种情况属于特例，且通常需要经过法律程序才能确定。
综上所述，只工作两天离职在一般情况下不会进入公司正式的人事档案。但为了避免不必要的误解或担忧，建议你在离职时与公司人力资源部门沟通确认相关记录的处理方式。如果你有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。