如果公司拒不支付双方约定的由公司承担的个人所得税，员工可以依据相关税法及劳动合同法对公司提起诉讼。以下是具体的法律依据和分析：

1. 税法依据：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，个人所得税是由纳税人（即员工）承担并缴纳的。但如果公司与员工之间有明确约定，由公司承担个人所得税的支付，那么这一约定应当视为公司对员工的一种薪酬或福利承诺。
   • 当公司拒不履行这一约定时，实际上构成了对员工权益的侵害，员工有权要求公司按照约定履行义务。

2. 劳动合同法依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。
   • 如果劳动合同或相关协议中明确约定了由公司承担个人所得税的支付，那么公司拒不支付的行为就违反了劳动合同法的相关规定。
   • 员工可以依据劳动合同法的相关规定，向公司主张自己的权益，包括要求公司支付约定的个人所得税款项，以及可能产生的违约金或赔偿金。

3. 诉讼途径：

   • 在公司拒不支付的情况下，员工可以选择通过法律途径来维护自己的权益。
   • 具体来说，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼。
   • 在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明公司与员工之间的约定以及公司拒不支付的事实。

综上所述，如果公司拒不支付双方约定的由公司承担的个人所得税，员工可以依据税法及劳动合同法的相关规定对公司提起诉讼。在提起诉讼前，员工应当收集好相关证据，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。