拖欠农民工工资5个月，结算时按总额代扣个税是不合法的。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

1. 工资支付义务：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得无故克扣或拖欠。这是用人单位的基本义务，也是劳动者权益的重要保障。

2. 个税代扣合法性：

   • 个税代扣通常是在工资发放时，根据当月工资收入情况，按照税法规定进行代扣代缴。如果用人单位在拖欠工资的情况下，试图在结算时按总额代扣个税，这实际上是对劳动者工资的非法克扣。
   • 更重要的是，由于每个月工资不足5千元，根据当前的个税政策，很可能并不需要缴纳个税。因此，用人单位按总额代扣个税的行为更是缺乏法律依据。

3. 法律后果与建议：

   • 如果用人单位存在拖欠工资并试图按总额代扣个税的行为，劳动者可以向当地劳动行政部门投诉，要求用人单位支付拖欠的工资，并纠正错误的个税代扣行为。
   • 劳动者还可以依据《中华人民共和国劳动合同法》等相关规定，要求用人单位支付拖欠工资的赔偿金，以维护自己的合法权益。
   • 在必要时，劳动者可以寻求法律援助或咨询专业律师（如黄海律师，擅长债权债务、劳动纠纷等领域），通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，拖欠农民工工资5个月，并在结算时按总额代扣个税是不合法的。劳动者应当积极维护自己的权益，通过法律途径要求用人单位支付拖欠的工资，并纠正错误的个税代扣行为。