是的，以物抵债协议中约定的由债务人保管和使用该动产，属于占有改定。以下是对此问题的详细分析：

一. 占有改定的定义与特征

占有改定是指在动产物权转让时，双方又约定由出让人继续占有该动产，物权自该约定生效时发生效力。这是一种观念交付的方式，即动产的所有权在双方达成合意并签订协议后，即发生转移，而无需实际交付动产。

二. 占有改定在以物抵债协议中的应用

在以物抵债协议中，当双方达成以某动产抵偿债务的合意，并约定由债务人继续占有该动产时，即构成占有改定。此时，动产的所有权自协议生效时转移给债权人，而无需实际交付动产。

三. 占有改定的法律效力

根据《中华人民共和国民法典》第二百二十八条明确规定：“动产物权转让时，当事人又约定由出让人继续占有该动产的，物权自该约定生效时发生效力。”因此，以物抵债协议中的占有改定具有法律效力。只要双方的意思表示真实，且协议内容不违反法律和行政法规的强制性规定，该协议即被视为有效。同时，动产的所有权在协议生效时即发生转移。

四. 占有改定的风险承担

在动产交付后，风险通常由占有人承担。但在占有改定的情况下，由于动产仍由债务人占有，因此风险仍由债务人承担。这意味着，如果动产在债务人占有期间发生损坏或灭失，债务人需要承担相应的责任。

五. 占有改定的对抗效力

占有改定虽然能产生物权变动的法律效果，但可能无法对抗善意第三人。因此，在以物抵债协议中采用占有改定时，应谨慎考虑其可能带来的法律风险。

综上所述，以物抵债协议中约定的由债务人保管和使用该动产，确实属于占有改定。这种交付方式在法律上具有效力，但也需要注意其可能带来的风险和法律限制。如有进一步需要，您可以继续咨询我。