债权人实际占有抵押物，并不可以直接认定为以物抵债。以下是对此问题的详细解析：

一、流质条款的无效性

在债务履行期届满前，抵押权人与抵押人之间不得约定，若债务未得到清偿，则抵押物的所有权自动转移给债权人。这种约定被称为“流质条款”，在法律上是无效的。这一规定的主要目的是保护抵押人的权益，防止债权人在债务人处于困境时利用优势地位获取不当利益，确保交易的公平性和合理性。因此，即使债权人实际占有了抵押物，也不能直接依据流质条款取得抵押物的所有权。

二、抵押权的实现方式

债务履行期届满后，若债务人未能履行债务，抵押权人有权通过法定程序实现其抵押权。具体方式包括：

1. 协议折价：抵押权人与抵押人可以协商，将抵押物折价以清偿债务。但这种折价必须基于双方的真实意愿和公平原则，不能损害其他相关方的合法权益。
2. 拍卖或变卖：若双方无法就折价达成一致，抵押权人可以向人民法院提起诉讼，请求对抵押物进行拍卖或变卖，并以所得价款受偿。这种方式更加公开、透明，能够确保抵押物的价值得到充分实现。
3. 余款归属与不足清偿：抵押物折价、拍卖或变卖后，若所得价款超过债权数额，超出部分应归还抵押人；若价款不足清偿债务，债务人仍需承担剩余债务的清偿责任。

三、以物抵债的合法性要求

尽管法律允许债权人和债务人在债务清偿期届满后约定以物抵债，但这种约定必须严格遵守法律法规，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害其他相关方的合法权益。特别是当存在其他担保人时，债权人和债务人未经担保人同意擅自变更主债权债务合同的内容，可能会减轻或免除担保人的责任，这是不被允许的。因此，即使债权人实际占有了抵押物，也不能直接认定为以物抵债，除非双方达成了合法有效的以物抵债协议，并经过了必要的法律程序。

四、实际操作中的注意事项

在实际操作中，债权人应当注意以下几点：

1. 确保合法占有：债权人占有抵押物应当基于合法的原因和程序，如基于抵押合同的约定或法院的判决等。
2. 遵守法定程序：在实现抵押权时，债权人应当遵守法定的程序和方式，如通过协议折价、拍卖或变卖等方式进行处置。
3. 尊重其他相关方权益：在处置抵押物时，债权人应当尊重其他相关方的合法权益，如其他担保人的权益等。

建议：鉴于抵押物以物抵债涉及复杂的法律问题，稍有不慎就可能引发纠纷或造成不必要的损失。因此，在处理此类问题时，建议你直接向我咨询，以确保整个过程的合法合规性，维护自身权益的同时，也尊重和保护他人的合法权益。