在处理以物抵债协议的管辖问题时，我们首先要明确的是，管辖法院的确定主要依赖于协议中的约定以及相关的法律规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、协议中有明确约定管辖法院的情况
如果以物抵债协议中已经明确约定了管辖法院，并且该约定符合《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，即所选法院与争议有实际联系（如被告住所地、合同履行地等），那么应当按照协议中的约定来确定管辖法院。这种情况下，协议的约定具有优先效力。
二、协议中未约定管辖法院的情况
如果以物抵债协议中未约定管辖法院，那么我们需要依据法定管辖规则来确定。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
被告住所地：即债务人（被告）的注册地或主要办事机构所在地。这是确定管辖法院的一个基本原则。
合同履行地：合同履行地的确定需要结合协议内容来判断。具体来说：
三、特殊情况下的管辖确定
不动产纠纷专属管辖：如果以物抵债协议实际涉及不动产物权纠纷（如产权归属争议），那么可能适用专属管辖，即由不动产所在地的人民法院管辖。但需要注意的是，单纯要求履行过户义务的纠纷，仍按合同纠纷处理。
新债清偿与原债务的选择：在债务履行期限届满后达成的以物抵债协议，一般构成“新债清偿”。即达成协议后原债务并不消灭。如果债务人或者第三人不履行以物抵债协议，经债权人催告在合理期间仍不履行，则债权人可以选择履行原债务或者以物抵债协议。在这种情况下，如果债权人选择履行原债务，则根据原债务法律关系确定管辖；如果选择履行以物抵债协议，且抵债之物系不动产，则应按不动产专属管辖确定管辖法院。
四、实际案例解析
以您提供的案例为例，新疆某商贸公司与被告新疆某房地产公司等因工业品买卖合同产生纠纷，并签订了《以物抵债协议》。后因房产过户问题协商未果，新疆某商贸有限公司向乌鲁木齐垦区人民法院提起诉讼。在提交答辩状期间，新疆某房地产开发公司对管辖权提出异议，认为本案应当按照“不动产纠纷专属管辖”由房产所在地人民法院管辖。但法院经审查认为，本案争议焦点在于以物抵债协议效力的认定，且原告选择以基础法律关系提起诉讼，不属于因不动产纠纷提起的诉讼，因此应当根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定确定管辖。最终，一审法院和二审法院均裁定驳回新疆某房地产公司的管辖权异议。
五、建议
在签订以物抵债协议时，建议双方谨慎约定管辖条款，明确争议时的管辖法院，以避免因管辖问题耗费时间和精力，影响自身权益的实现。同时，在遇到以物抵债协议纠纷时，要准确理解和运用法律规定来确定管辖法院，以便顺利通过诉讼途径解决纠纷。