对于劳动仲裁后双方均不服而提起诉讼的立案问题，应当分别立案，并案审理。以下是对此结论的详细解释：
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(二)》第十一条规定：“劳动者和用人单位均不服劳动争议仲裁委员会的同一裁决，向同一人民法院起诉的，人民法院应当并案审理，双方当事人互为原告和被告。”这一条款明确指出了在双方均不服劳动仲裁裁决并向法院起诉时，应如何处理的方式。
分别立案的必要性：
- 分别立案可以确保双方当事人的诉讼权利得到充分保障。如果仅立一案，将后起诉的一方列为被告，并通过反诉的方式提出诉讼请求，可能会面临提起反诉的期限问题，以及原告撤诉后被告诉权无法得到保护的问题。
- 分别立案并案审理可以有效避免因承办法官个人对法律条文的理解不一致而导致的裁判结果不一致的情况，从而维护法院判决的统一性。
并案审理的意义：
- 并案审理意味着虽然双方分别立案，但法院会将这两个案件合并进行审理，以便更全面地了解双方当事人的诉讼请求和争议焦点，从而作出更公正、更合理的判决。
- 在并案审理过程中，双方当事人互为原告和被告，这有助于平衡双方当事人的诉讼地位，确保诉讼的公正性。
综上所述，劳动仲裁后双方均不服而提起诉讼时，应当分别立案，并案审理。这样做既符合法律依据，又能确保双方当事人的诉讼权利得到充分保障，同时也有助于维护法院判决的统一性和诉讼的公正性。